Toute entreprise a l’obligation de rembourser la moitié des frais de transport en commun engagés par le salarié pour se rendre de sa résidence habituelle à son lieu de travail (articles L. 3261-2 et R. 3261-1 du code du travail). Dans l’hypothèse où plusieurs abonnements sont nécessaires à la réalisation du trajet, l’employeur prend en charge 50 % de ces différents titres d’abonnements.
Est-ce que l’ensemble des titres de transports doivent faire l’objet d’un remboursement sur la fiche de paie ?
Non. Seuls les abonnements sont concernés, les titres de transport individuels sont exclus de cette obligation de remboursement (article R. 3261-2 du code du travail).
L’employeur peut-il prendre en charge plus de 50 % des frais de transport ?
Oui. Dans ce cas, la prise en charge reste exonérée de cotisations et contributions sociales dans la limite des frais réellement engagés. Par contre, la fraction excédentaire à l’obligation des 50% doit être réintégrer dans le net imposable.
Attention, pour les salariés où il est pratiqué un abattement pour frais professionnels (intermittents du spectacles,  artistes,  journalistes,  V.R.P.,  ouvriers du bâtiment et des travaux publics…) toute prise en charge de ces frais de transports doit figurer dans la partie brute du bulletin de salaire avant application de la déduction pour frais professionnels et donc soumis à charges sociales.
Remarque
Les indemnités de déplacements ne peuvent pas se cumuler avec le remboursement pour frais de transport.
Dans le cas où le salarié habite en dehors de la région de son lieu de travail, l’employeur doit-il rembourser le titre de transport ?
Oui. Depuis la loi de financement de la sécurité sociale du 17 décembre 2008 la prise en charge du transport a été étendu à toute la France. L’employeur a l’obligation de rembourser 50 % des frais de transport engagés par le salarié pour se rendre sur son lieu de travail, même si le salarié habite dans une autre région, quelle qu’en soit la raison.
Par une décision en date du 12 décembre 2012, la Cour de cassation a confirmé cette obligation en précisant que le code du travail impose aux employeurs la prise en charge de la moitié du prix des titres d’abonnements souscrits par leurs salariés, sans distinguer la situation géographique de cette résidence.